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SHERLOCK:CRISPR賦能的核酸檢測革命

在臨床診斷、病原體篩查等領(lǐng)域,核酸檢測的快速性、靈敏性與便攜性始終是核心訴求。傳統(tǒng)檢測方法如PCR雖有效,但依賴專業(yè)儀器,難以滿足現(xiàn)場應(yīng)用需求。而基于CRISPR-Cas系統(tǒng)的SHERLOCK技術(shù),通過創(chuàng)新性結(jié)合核酸預(yù)擴(kuò)增與Cas酶的特異性識別,打造出兼具高靈敏度、強(qiáng)特異性與便攜性的核酸檢測平臺,為核酸檢測領(lǐng)域帶來了突破性變革。

SHERLOCK全稱為特異性高靈敏度酶促報(bào)告基因解鎖技術(shù),其核心原理源于Cas13和Cas12酶的"附帶活性"——這些酶在通過可編程crRNA識別特定目標(biāo)核酸后,會激活非特異性核酸內(nèi)切酶活性,切割旁側(cè)的報(bào)告分子產(chǎn)生可檢測信號。該技術(shù)通過四步核心流程實(shí)現(xiàn)核酸檢測:首先制備LwaCas13a蛋白與crRNA等關(guān)鍵試劑,隨后提取樣本中的目標(biāo)核酸,通過重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)技術(shù)對目標(biāo)進(jìn)行等溫預(yù)擴(kuò)增并引入T7啟動(dòng)子(Cas12檢測無需此步驟),最后利用Cas酶的附帶活性切割報(bào)告分子,通過熒光或側(cè)向流動(dòng)等方式讀取結(jié)果。整個(gè)流程設(shè)置時(shí)間不足15分鐘,總檢測時(shí)長可控制在1小時(shí)內(nèi),高效適配快速檢測需求。

圖 1 | SHERLOCK 實(shí)驗(yàn)完整工作流程

相較于傳統(tǒng)檢測技術(shù),SHERLOCK展現(xiàn)出三大核心優(yōu)勢。在檢測性能上,它能實(shí)現(xiàn)單分子級檢測(2 aM濃度),可區(qū)分目標(biāo)序列中的單核苷酸錯(cuò)配,輕松辨別登革熱病毒與寨卡病毒等相似病原體,甚至能在背景豐度僅0.1%的樣本中檢測到癌癥相關(guān)突變。在實(shí)用性上,該技術(shù)兼容DNA與RNA雙目標(biāo)檢測,支持熒光檢測、側(cè)向流動(dòng)可視化檢測等多種讀數(shù)方式,其中側(cè)向流動(dòng)檢測無需專業(yè)儀器,僅需幾分鐘即可通過肉眼觀察結(jié)果,完美適配資源有限的現(xiàn)場場景。在成本控制上,單重反應(yīng)成本僅約0.60美元,crRNA合成成本低,酶組件可大規(guī)模生產(chǎn),具備廣泛推廣的經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)。

根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的不同,SHERLOCK分為兩步法與一步法兩種形式。兩步法將預(yù)擴(kuò)增與Cas檢測分離進(jìn)行,優(yōu)化難度低、靈敏度更高(可達(dá)zeptomolar級別),適合樣本成分復(fù)雜的場景;一步法則將所有反應(yīng)整合在單個(gè)體系中,檢測時(shí)長縮短至15-30分鐘,污染風(fēng)險(xiǎn)更低,更適合高通量、定量檢測需求。此外,通過空間多重或光譜多重設(shè)計(jì),該技術(shù)可在單個(gè)反應(yīng)中同時(shí)檢測多達(dá)四個(gè)目標(biāo),進(jìn)一步拓展了應(yīng)用場景。

在實(shí)際應(yīng)用中,SHERLOCK已展現(xiàn)出強(qiáng)大的適配能力。它成功應(yīng)用于寨卡病毒、登革熱病毒等病原體的現(xiàn)場檢測,可直接從患者尿液、血清樣本中快速篩查,還能區(qū)分不同地域來源的病毒菌株;在基因分型與癌癥檢測領(lǐng)域,其單核苷酸特異性可精準(zhǔn)識別循環(huán)游離DNA中的癌癥相關(guān)突變;在農(nóng)業(yè)與環(huán)境監(jiān)測中,也能高效檢測病原菌與抗性基因。

盡管優(yōu)勢顯著,SHERLOCK仍存在一定局限性,如需專業(yè)知識制備反應(yīng)組件、缺乏商業(yè)化預(yù)設(shè)計(jì)方案、難以實(shí)現(xiàn)絕對數(shù)字定量等,使其在部分常規(guī)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用中暫無法完全替代PCR技術(shù)。但隨著技術(shù)的持續(xù)優(yōu)化,這些問題正逐步得到解決。未來,隨著試劑制備的標(biāo)準(zhǔn)化、檢測流程的簡化以及多重檢測能力的提升,SHERLOCK有望在臨床床旁檢測、突發(fā)疫情防控、基層醫(yī)療篩查等領(lǐng)域發(fā)揮更大作用,推動(dòng)核酸檢測技術(shù)邁入便攜化、精準(zhǔn)化、低成本的全新階段。

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LbCas12a (Cpf1)

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LwaCas13a (C2c2)

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LwaCas13a (C2c2)

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AapCas12b (C2c1)

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AapCas12b (C2c1)

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Un1Cas12f1 (Cas14a1)

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1,000 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

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100 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32104-03

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AsCas12a (Cpf1)

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AacCas12b (C2c1)

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1,000 pmoL

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100 pmoL

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32106-03

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SpCas9

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